Badanie prenatalne drugiego trymestru należy wykonać między 18 a 23 tygodniem i 6 dniem ciąży. Jednak większość diagnostów twierdzi, że woli wykonać to badanie po 20 tygodniu ciąży. Badanie przeprowadzone w tym czasie daje wiarygodne wyniki. Dziecko jest na tyle rozwinięte, że istnieje możliwość oceny jego budowy anatomicznej, a dodatkowo objętości płynu owodniowego, rozwoju biometrycznego (pomiar wielkości poszczególnych części ciała dziecka) i łożyska, a także wad strukturalnych: serca, rozszczepu kręgosłupa, podniebienia, wad OUN (ośrodkowego układu nerwowego). Wykonanie badań w odpowiednim terminie wiąże się z prawidłowym oszacowaniem rozwoju wad genetycznych.