Wskazaniem do podawania probiotyku dziecku jest także urodzenie poprzez cesarskie cięcie. Dzieci urodzone przez cesarskie cięcie często mają inną florę bakteryjną niż dzieci urodzone drogami natury. Podczas porodu siłami natury noworodek przechodzi przez kanał rodny matki, gdzie ma kontakt z jej mikroflorą, co pozwala na naturalne zasiedlenie jego jelit dobroczynnymi bakteriami, głównie Lactobacillus i Bifidobacterium. W przypadku cesarskiego cięcia dziecko nie ma tej możliwości, a jego pierwsza flora bakteryjna pochodzi głównie ze środowiska szpitalnego oraz skóry matki, co może wpłynąć na późniejsze funkcjonowanie układu odpornościowego i pokarmowego. Dlatego probiotyki dla niemowląt urodzonych przez cesarskie cięcie są zalecane, aby wspomóc rozwój prawidłowej mikroflory jelitowej.