Jeśli tocząca się trombocytopenia jest zakwalifikowana jako pośrednie powikłanie toczących się w organizmie chorób (np. tocznia, HCV, zespołu hemolityczno-mocznicowego) – lekarz zadecyduje, jaki przebieg farmakoterapii będzie najkorzystniejszy, aby ograniczyć rozwój dolegliwości, co poprawi parametry krwi. Warto także nadmienić, że nie ma leku, który efektywnie podnosi ilość płytek krwi w organizmie człowieka – lekarz może jedynie wspomagać organizm w produkcji trombocytów. Takim rozwiązaniem jest podanie glikokortykosteroidów lub immunoglobulin, które stymulują szpik kostny. Jeśli małopłytkowość u dziecka wynika z autoagresji, lekarz immunolog może podjąć decyzję o podaniu leków immunosupresyjnych, jednak wiąże się to ze znacznym obniżeniem odporności malucha.