Temat szczepień wywołuje wiele emocji. W internecie można znaleźć różne informacje dotyczące szczepienia dzieci z mutacją MTHFR. Jedną z nich jest wskazanie, że osoby z takim obciążeniem mają problemy z usuwaniem metali ciężkich z organizmu, a zatem ich szczepienie jest niewskazane i może skutkować poważnymi działaniami niepożądanymi – w tym autyzmem. Okazuje się jednak, że założenie to nie ma naukowego potwierdzenia. Nie przeprowadzono badań, które jednoznacznie wskazywałyby na powiązanie mutacji MTHFR z częstszym występowaniem niepożądanych skutków po szczepieniach. Oczywiście, odczyny niepożądane mogą wynikać z uwarunkowań genetycznych, jednak kwestia ta wymaga dalszej diagnostyki i badań.